Ciao e benvenuto.
Da quel che ci scrivi, sembra evidente che ci sia stato qualcosa di "elettrico" che è andato in confusione dopo aver preso tutta quell'acqua.
Il cruscotto comanda tutto, e se dovessero esserci problemi di segnale sui connettori, probabilmente andrebbe in protezione (recovery mode) o impazzirebbe, col risultato che hai sperimentato tu.
In alternativa i vari connettori dei cablaggi, che sono un po' ovunque: nelle parti alte del motore, sotto la sella e sotto i fianchetti etc.
L'unico consiglio che posso darti al momento è di trovare il modo di tenerla all'asciutto, smontare le sovrastrutture più semplici da tirar giù, e controllare connessioni e cablaggi.
Magari staccarli, asciugarli con un phon, e spruzzarci dello spray disossidante.
Cosa che potresti anche spruzzare nei blocchetti elettrici.
Se la moto si avvia regolarmente, potresti anche lasciarla accesa per un po' in maniera che scaldi tutto quello che ha intorno e asciughi l'eventuale umidità residua.
La sella, su 750 e 1200, la si smonta infilando la chiave nella serratura che c'è lì in fondo.
Francamente non ricordo sulla 900 dove l'abbiano messa.
Una volta sganciata potrai sollevare la parte posteriore e sfilarla all'indietro per accedere a batteria, cablaggi, kit attrezzi e altro.
Trovi tutto indicato sul libretto che dovresti avere (e aver letto).
Tolta la sella, potrai eventualmente rimuovere i fianchetti svitando poche viti.
E, al limite, sollevare il serbatoio (vuotalo prima!) per dare un'occhiata anche ai cablaggi che ci sono lì sotto.
Ovvio che la cosa migliore da fare sarebbe comunque una visita a un'officina che disponga della diagnostica.
Collegando la moto, potrebbero avere indicazioni più precise riguardo a dove mettere le mani.
Facci sapere!